1>.InnoDB支持事物，而MyISAM不支持事物
2>.InnoDB支持行级锁，而MyISAM支持表级锁
3>.InnoDB支持MVCC,而MyISAM不支持
4>.InnoDB支持外键，而MyISAM不支持
5>.InnoDB不支持全文索引，而MyISAM支持。
1、存储结构 MyISAM：每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。
.frm文件存储表定义。 数据文件的扩展名为.MYD(MYData)。
索引文件的扩展名是.MYI(MYIndex) InnoDB：所有的表都保存在同一个数据文件中(也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件)，InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB。
2、存储空间 MyISAM：可被压缩，存储空间较小。
支持三种不同的存储格式：静态表(默认，但是注意数据末尾不能有空格，会被去掉)、动态表、压缩表。
InnoDB：需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。
3、可移植性、备份及恢复 MyISAM：数据是以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。
在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作。
InnoDB：免费的方案可以是拷贝数据文件、备份binlog，或者用mysqldump，在数据量达到几十G的时候就相对痛苦了。
4、事务支持 MyISAM：强调的是性能，每次查询具有原子性,其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持。
InnoDB：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。
具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crashrecoverycapabilities)的事务安全 (transaction-safe(ACIDcompliant))型表。
5、AUTO_INCREMENT MyISAM：可以和其他字段一起建立联合索引。
引擎的自动增长列必须是索引，如果是组合索引，自动增长可以不是第一列， 他可以根据前面几列进行排序后递增。
InnoDB：InnoDB中必须包含只有该字段的索引。引擎的自动增长列必须是索引，如果是组合索引也必须是组合索引的第一列。
6、表锁差异MyISAM：只支持表级锁，用户在操作myisam表时，select，update，delete，insert语句都会给表自动加锁， 如果加锁以后的表满足insert并发的情况下，可以在表的尾部插入新的数据。
InnoDB：支持事务和行级锁，是innodb的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。
但是InnoDB的行锁， 只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的。
7、全文索引 MyISAM：支持FULLTEXT类型的全文索引 InnoDB：不支持FULLTEXT类型的全文索引，但是innodb可以使用sphinx插件支持全文索引，并且效果更好。
8、表主键 MyISAM：允许没有任何索引和主键的表存在，索引都是保存行的地址。
InnoDB：如果没有设定主键或者非空唯一索引，就会自动生成一个6字节的主键(用户不可见)，数据是主索引的一部分，附加索引保存的是主索引的值。
9、表的具体行数 MyISAM：保存有表的总行数，如果selectcount(*)fromtable;会直接取出出该值。
InnoDB：没有保存表的总行数，如果使用selectcount(*)fromtable;就会遍历整个表，消耗相当大，但是在加了wehre条件后， myisam和innodb处理的方式都一样。
10、CURD操作 MyISAM：如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。
InnoDB：如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。
DELETE从性能上InnoDB更优， 但DELETEFROMtable时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除，在innodb上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用truncatetable这个命令。
11、外键 MyISAM：不支持 InnoDB：支持
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